|
|
The use of cell-free nucleic acids in maternal plasma for non-invasive prenatal diagnosis of monogenic diseases, placental insufficiency-related complications and Down syndrome
Veselovská, Lenka ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Od objavu extracelulárnej fetálnej DNA v periférnej krvi tehotných ien sú extracelulárne nukleové kyseliny skúmané vo vz ahu k neinvazívnej prenatálnej diagnostike rôznych fetálnych vlastností a porúch, a tie komplikácií v tehotenstve. Neinvazívna prenatálna diagnostika monogénne dedi ných porúch reprezentovaných TSC1-viazanou tuberóznou sklerózou je teoreticky mo ná prostredníctvom detekcie paternálne zdedenej mutovanej alely medzi materskými alelami v krvnej plazme. Spo ahlivos detekcie mutovanej alely mô e by zvý ená simultánnou analýzou haplotypu viazaného s mutovanou alelou alebo detekciou univerzálneho fetálneho markeru. iadna z troch metód (alelovo- pecifická PCR v reálnom ase, SNaPshot minisekvenovanie a kvantitatívna fluorescen ná PCR) testovaných s pou itím umelo vytvorených zmesí vzoriek a vzoriek materskej plazmy nebola dostato ne spo ahlivá a presná v detekcii minoritnej alely odli nej v bodovej mutácii, jednonukleotidovom polymorfizme alebo v mikrosatelite v géne TSC1 alebo v jeho okolí. Vytvorili sme model predikcie podielu párov informatívnych pre panel jednonukleotidových polymorfizmov, ktorý mô e by aplikovaný pre akúko vek monogénne dedi nú poruchu. Nepodarilo sa nám nájs funk ný fetálny marker s vyu itím rozdielnej metylácie promótorov génov RASSF1A, HLCS a OLIG2 v materskom a...
|
|
|
Genetická analýza nádorů hlavy a krku
Čapková, Markéta ; Plzák, Jan (vedoucí práce) ; Smilek, Pavel (oponent) ; Čelakovský, Petr (oponent)
Dlaždicobuněčné karcinomy hlavy a krku (HNSCC = head and neck squamous cell carcinoma) jsou pátou nejčastější skupinou maligních nádorů člověka. Jsou spojeny s vysokou morbiditou způsobenou jak primárním onemocněním, tak následnou léčbou. Léčebné výsledky této skupiny nádorů se výrazně nezlepšují a to navzdory značným pokrokům, kterých bylo v posledních desetiletích dosaženo v chirurgii a onkologii. Ve své práci jsem se zaměřila na analýzu genové exprese séra pacientů s nádory hlavy a krku, která navazovala na předchozí výzkum analýzy genové exprese přímo v nádorové tkáni. Dále jsme též zkoumali analýzu genové exprese v nádorovém stromatu, které se poslední dobou ukazuje jako významný faktor v iniciaci i progresi kancerogeneze. Zjistili jsme několik kandidátních genů, které jsou součástí signalizačních drah související s buněčnou diferenciací a proliferací a které jsou součástí apoptotické dráhy ( BCl-2, BCl-XL a MAX) a zároveň pokles exprese hlavního tumor supresorového genu p53. V peritumorální tkáni jsme zaznamenali zvýšenou expresi cytokinů typických pro embryonální vývoj a diferenciaci ektodermové tkáně - IGF-2 a BMP-4, které v médiu významně ovlivňují fenotyp normálních keratinocytů. Dále jsme identifikovali několik kandidátních genů souvisejících s expresí Gal-1 ve tkáni bohaté na stromální...
|
|
|
Analýza volných nukleových kyselin a její potenciální klinické využití.
Pazourková, Eva ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Drábek, Jiří (oponent) ; Vodička, Radek (oponent)
Tato práce se zabývá výzkumem volných nukleových kyselin (cfNA). V první části práce jsou prezentovány změny metylací promotorů genů spojených se zánětlivou a imunitní odpovědí organismu v průběhu hemodialýzy. I v tak krátkém časovém intervalu lze v plazmě detekovat změny metylačního profilu u některých genů. Byly prokázány změny u genů, které hrají roli v regulaci hematopoézy, a jejich souvislost s potřebou terapie anémie. Další studie cfNA zkoumala zastoupení miRNA v plazmě u pacientů s AML před léčbou a po léčbě. Výsledkem této studie je identifikace 6 miRNA, které jsou v době záchytu onemocnění u pacientů zvýšené a po úspěšné léčbě v první remisi se jejich hladiny snižují. Přítomnost cfNA je detekovatelná také v moči. Při výzkumu vhodného neinvazivního markeru karcinomu močového měchýře byly zjištěny zvýšené hladiny cfDNA v moči u pacientů. Dále bylo nalezeno 5 miRNA, jejichž hladiny jsou při onemocnění karcinomem sníženy. Zároveň bylo určeno spektrum miRNA, které se vyskytují v moči všech osob bez ohledu na pohlaví, věk a zdravotní stav osoby. Specifickou částí je práce s volnou fetální DNA (cffDNA). Analýzou cffDNA je u nás rutině určováno RhD plodu z krve matky. Testovali jsme možnost této diagnostiky novou metodou droplet digital PCR. Bylo zjištěno, že tato metoda dosahuje stejně dobrých...
|
|
|
The use of cell-free nucleic acids in maternal plasma for non-invasive prenatal diagnosis of monogenic diseases, placental insufficiency-related complications and Down syndrome
Veselovská, Lenka ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Od objavu extracelulárnej fetálnej DNA v periférnej krvi tehotných ien sú extracelulárne nukleové kyseliny skúmané vo vz ahu k neinvazívnej prenatálnej diagnostike rôznych fetálnych vlastností a porúch, a tie komplikácií v tehotenstve. Neinvazívna prenatálna diagnostika monogénne dedi ných porúch reprezentovaných TSC1-viazanou tuberóznou sklerózou je teoreticky mo ná prostredníctvom detekcie paternálne zdedenej mutovanej alely medzi materskými alelami v krvnej plazme. Spo ahlivos detekcie mutovanej alely mô e by zvý ená simultánnou analýzou haplotypu viazaného s mutovanou alelou alebo detekciou univerzálneho fetálneho markeru. iadna z troch metód (alelovo- pecifická PCR v reálnom ase, SNaPshot minisekvenovanie a kvantitatívna fluorescen ná PCR) testovaných s pou itím umelo vytvorených zmesí vzoriek a vzoriek materskej plazmy nebola dostato ne spo ahlivá a presná v detekcii minoritnej alely odli nej v bodovej mutácii, jednonukleotidovom polymorfizme alebo v mikrosatelite v géne TSC1 alebo v jeho okolí. Vytvorili sme model predikcie podielu párov informatívnych pre panel jednonukleotidových polymorfizmov, ktorý mô e by aplikovaný pre akúko vek monogénne dedi nú poruchu. Nepodarilo sa nám nájs funk ný fetálny marker s vyu itím rozdielnej metylácie promótorov génov RASSF1A, HLCS a OLIG2 v materskom a...
|
|
|
Genetická analýza nádorů hlavy a krku
Čapková, Markéta ; Plzák, Jan (vedoucí práce) ; Smilek, Pavel (oponent) ; Čelakovský, Petr (oponent)
Dlaždicobuněčné karcinomy hlavy a krku (HNSCC = head and neck squamous cell carcinoma) jsou pátou nejčastější skupinou maligních nádorů člověka. Jsou spojeny s vysokou morbiditou způsobenou jak primárním onemocněním, tak následnou léčbou. Léčebné výsledky této skupiny nádorů se výrazně nezlepšují a to navzdory značným pokrokům, kterých bylo v posledních desetiletích dosaženo v chirurgii a onkologii. Ve své práci jsem se zaměřila na analýzu genové exprese séra pacientů s nádory hlavy a krku, která navazovala na předchozí výzkum analýzy genové exprese přímo v nádorové tkáni. Dále jsme též zkoumali analýzu genové exprese v nádorovém stromatu, které se poslední dobou ukazuje jako významný faktor v iniciaci i progresi kancerogeneze. Zjistili jsme několik kandidátních genů, které jsou součástí signalizačních drah související s buněčnou diferenciací a proliferací a které jsou součástí apoptotické dráhy ( BCl-2, BCl-XL a MAX) a zároveň pokles exprese hlavního tumor supresorového genu p53. V peritumorální tkáni jsme zaznamenali zvýšenou expresi cytokinů typických pro embryonální vývoj a diferenciaci ektodermové tkáně - IGF-2 a BMP-4, které v médiu významně ovlivňují fenotyp normálních keratinocytů. Dále jsme identifikovali několik kandidátních genů souvisejících s expresí Gal-1 ve tkáni bohaté na stromální...
|
host ::
RSS.